都道府県農業会議は、平成27年度まで「農業委員会等に関する法律」（昭和26年法律第88号）に基づいた知事の認可法人でしたが、「農業協同組合法等の一部を改正する等の法律」（平成27年法律第63号）の施行（平成28年4月1日）により、農業委員会ネットワーク機構として都道府県に一を限って知事から指定を受けた一般社団法人となりました。

一般社団法人新潟県農業会議は、平成28年3月14日に新潟県知事から指定を受け、平成28年4月1日に新潟県農業会議から一般社団法人として組織変更の登記をしました。

一般社団法人新潟県農業会議は、定款により、市町村農業委員会長（30）、学識経験者（7）、市町村（30）、農業団体（13）の会員から構成されています。

現在の役員は、会長1名、副会長2名、理事10名、監事3名です。